Αντισυνταγματική έκρινε το ΣτΕ την απόφαση του πρώην υπουργού Παιδείας Νίκου Φίλη σχετικά με τον τρόπο διδασκαλίας των Θρησκευτικών στο δημοτικό και το Γυμνάσιο, ενώ για το Λύκειο εκκρεμεί άλλη προσφυγή που δεν έχει εξεταστεί ακόμα.
Σύμφωνα με το Ανώτατο Δικαστήριο είναι αντίθετη:
1) στο άρθρο 16 του Συντάγματος το οποίο ορίζει ότι η παιδεία αποτελεί βασική αποστολή του κράτους και μεταξύ των σκοπών της είναι η ανάπτυξη της εθνικής και θρησκευτικής συνείδησης, γιατί με το πρόγραμμα σπουδών που εισάγεται για το Δημοτικό και το Γυμνάσιο «φαλκιδεύεται ο επιβαλλόμενος από τη συνταγματική αυτή διάταξη σκοπός της ανάπτυξης, δηλαδή της Ορθόδοξης Χριστιανικής συνείδησης των μαθητών στα ανήκοντα στην επικρατούσα θρησκεία της Ανατολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας του Χριστού,
2) Στην διάταξη του άρθρου 13 του Συντάγματος που κατοχυρώνει ως απαραβίαστη την ελευθερία της θρησκευτικής συνείδησης, γιατί η προσβαλλόμενη απόφαση θα έπρεπε να απευθύνεται αποκλειστικά στους Ορθόδοξους Χριστιανούς μαθητές και να κατατείνει στην εμπέδωση και συνέχιση της Ορθόδοξης Χριστιανικής συνείδησης, καθώς η προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση κλονίζει την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση που πριν από την έναρξη του σχολικού βίου διαμορφώνουν οι μαθητές το πλαίσιο του οικογενειακού τους περιβάλλοντος. Μάλιστα, η εισαγόμενη με την προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση διδασκαλία του μαθήματος των Θρησκευτικών είναι ικανή να παρέμβει στον ευαίσθητο ψυχικό κόσμο των μαθητών που δεν διαθέτουν την κριτική αντίληψη των ενηλίκων και να τους εκτρέψει από την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση και
3) Προσβάλλεται ευθέως το Πρώτο Πρόσθετο Πρωτόκολλο της ΕΣΔΑ γιατί στερεί από τους μαθητές του Ορθόδοξου Χριστιανικού δόγματος το δικαίωμα να διδάσκονται αποκλειστικά τα δόγματα, τις ηθικές αξίες και τις παραδόσεις της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας του Χριστού, ενώ η νομοθεσία προβλέπει για μαθητές Ρωμαιοκαθολικούς, Εβραίους και Μουσουλμάνος να διδάσκονται αυτοτελώς το μάθημα αυτό.
Επισημαίνουν επίσης ότι η διδασκαλία των θρησκευτικών βάσει της απόφασης του Ν.Φίλη δεν είναι ικανή να αναπτύξει , να εμπεδώσει και να ενισχύσει όπως επιβάλλεται από το Σύνταγμα την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση των μαθητών.
Στο Ανώτατο Δικαστήριο είχαν προσφύγει η Πανελλήνια Ένωση θεολόγων, δέκα γονείς, καθώς και θεολόγοι από διάφορες περιοχές της χώρας.
